Análises de WGCNA foram conduzidas utilizando amostras temporais de RNA-Seq de Glycine max, alinhadas ao genoma CDS (incluindo isoformas) por meio do Kallisto. Os valores de TPM de todos os genes e suas respectivas isoformas foram agregados. Em seguida, a matriz foi normalizada utilizando o método TMM. Por fim, aplicou-se um filtro para remover genes com valores inferiores a 5 em todas as amostras, reduzindo o número de genes de 46969 para 16251 genes.

Article

RNAseq

Genome


Samples ID

Abaixo estão os IDs completos e abreviados de cada amostra, com o objetivo de facilitar a visualização dos resultados. Em alguns gráficos, os IDs podem não incluir o número da replicata, indicando que o resultado representa a média das replicatas.


Irrigated


Drought


Cluster Dendrograms for Outlier Detection and Removal


As amostras Gm_I_S04.20h_R2 e Gm_I_S03.16h_R1 são claramente outliers e serão removidas. De acordo com o dataset a Gm_I_S03.16h_R1 apresentou uma porcentagem de alinhamento muito baixa no kallisto (23%), a Gm_I_S04.20h_R2 pode ter apresentado algum problema de amostragem, visto que não foi identificado nenhuma diferença comparada com os demais dados.



Soft Threshold (Power)

O valor de Soft Threshold Power utilizado nesta análise foi de: 20


Gene clustering


Cluster Dendrogram with module colors

## Total de genes: 16251
## Genes agrupados em módulos: 11021
## Genes não agrupados: 5230

Heat map WGCNA

Heat map WGCNA Filtered

O heatmap abaixo foi gerado a partir do heatmap anterior, que passou por um tratamento específico de filtragem no script. Nesse processo, foram filtradas as interações com correlações (Corr) altamente positivas ou negativas, bem como valores de significância ideais (p-value). Os critérios de corte utilizados foram os seguintes:

  • Corr: ≥ 0,5 ou ≤ -0,5
  • p-value: < 0.05

Os módulos que não atenderam a esses critérios foram removidos, garantindo que apenas as interações mais relevantes fossem exibidas no heatmap.

Clique Percolation Method (CPM)


Rede de módulos da Arabidopsis thaliana

##     k Intensity Number.of.Communities Number.of.Isolated.Nodes Ratio.Threshold Chi.Threshold
## 406 4    0.7980                    12                       23        1.500000     0.1313392
## 402 4    0.8000                    12                       26        1.200000     0.1295635
## 403 4    0.7995                    12                       26        1.200000     0.1295635
## 410 4    0.7960                    11                       22        1.636364     0.1540987
## 407 4    0.7975                    11                       23        1.363636     0.1513311
## 405 4    0.7985                    11                       25        1.500000     0.1475329
## 404 4    0.7990                    11                       26        1.400000     0.1475329
## 411 4    0.7955                    10                       22        2.090909     0.1827498
## 408 4    0.7970                    10                       23        1.636364     0.1745310
## 409 4    0.7965                    10                       23        1.636364     0.1745310
## 415 4    0.7935                     8                       22        2.000000     0.2516922
## 412 4    0.7950                     8                       22        2.090909     0.2442079
## 413 4    0.7945                     8                       22        2.181818     0.2442079
## 414 4    0.7940                     8                       22        2.181818     0.2442079
## 424 4    0.7890                     6                       19        3.700000     0.4599564
## 425 4    0.7885                     6                       19        3.700000     0.4599564
## 426 4    0.7880                     6                       19        3.700000     0.4599564
## 419 4    0.7915                     6                       22        3.400000     0.4014012
## 416 4    0.7930                     6                       22        3.400000     0.4009126
## 417 4    0.7925                     6                       22        3.400000     0.4009126
## 418 4    0.7920                     6                       22        3.400000     0.4009126
## 462 4    0.7700                     5                       10        2.315789     1.7072154
## 453 4    0.7745                     5                       11        2.263158     1.9292694
## 454 4    0.7740                     5                       11        2.263158     1.9292694
## 455 4    0.7735                     5                       11        2.263158     1.9292694
## 456 4    0.7730                     5                       11        2.263158     1.9292694
## 457 4    0.7725                     5                       11        2.263158     1.9292694
## 458 4    0.7720                     5                       11        2.263158     1.9292694
## 459 4    0.7715                     5                       11        2.263158     1.9292694
## 460 4    0.7710                     5                       11        2.263158     1.9292694
## 
## Results of clique percolation community detection algorithm
## 
## --------------------
## 
## User-specified Settings
## 
## method = weighted 
## k = 3
## I = 0.8125
## 
## --------------------
## 
## Results
## 
## Number of communities: 11 
## Number of shared nodes: 12 
## Number of isolated nodes: 12 
## 
## --------------------
## 
## --------------------
## Communities (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
## 
## Community 1 : GM020 GM023 GM046 GM050 GM053 GM054 GM055 GM056 GM057 GM062 GM063 GM064 GM065 GM066 GM077 
## Community 2 : GM002 GM003 GM004 GM005 GM006 GM007 GM008 GM009 GM010 GM011 GM012 GM015 GM025 GM026 GM027 GM028 GM033 GM037 GM039 GM040 GM041 GM042 GM068 
## Community 3 : GM017 GM018 GM019 GM020 GM022 GM026 GM029 GM030 GM031 GM032 GM033 GM034 GM035 GM037 
## Community 4 : GM072 GM074 GM075 
## Community 5 : GM060 GM061 GM065 GM074 GM076 GM077 
## Community 6 : GM043 GM044 GM045 
## Community 7 : GM037 GM038 GM047 
## Community 8 : GM068 GM069 GM070 
## Community 9 : GM018 GM036 GM038 
## Community 10 : GM056 GM058 GM059 
## Community 11 : GM011 GM013 GM014 
## 
## 
## --------------------
## Shared nodes (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
## 
## GM011 GM018 GM020 GM026 GM033 GM037 GM038 GM056 GM065 GM068 GM074 GM077 
## 
## 
## --------------------
## Isolated nodes (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
## 
## GM001 GM016 GM021 GM024 GM048 GM049 GM051 GM052 GM067 GM071 GM073 NA


Tamanho das comunidades

Os números indicam as comunidades, e o tamanho dos círculos reflete o número de módulos em cada comunidade, ou seja, círculos maiores correspondem a comunidades que contêm mais módulos. Além disso, as arestas que conectam os módulos mostram o nível de correlação entre eles, variando em largura e intensidade de cor.


Rede dos módulos em comunidades

As cores no gráfico representam comunidades de módulos com alta correlação entre si. Esta rede é ponderada, ou seja, as arestas conectando os módulos indicam o nível de correlação entre eles, variando em largura e intensidade de cor conforme a força da correlação.

Os módulos isolados, que não foram agrupados em nenhuma comunidade, são representados pela cor branca.

## Warning in qgraph::qgraph(W, DoNotPlot = TRUE): Some labels where not
## abbreviatable.
## Warning in qgraph::qgraph(qgraph::getWmat(W), pie = node_split, pieColor =
## colors_nodes, : Some labels where not abbreviatable.