Análises de WGCNA foram conduzidas utilizando amostras temporais de RNA-Seq de Glycine max, alinhadas ao genoma CDS (incluindo isoformas) por meio do Kallisto. Os valores de TPM de todos os genes e suas respectivas isoformas foram agregados. Em seguida, a matriz foi normalizada utilizando o método TMM. Por fim, aplicou-se um filtro para remover genes com valores inferiores a 5 em todas as amostras, reduzindo o número de genes de 46969 para 16251 genes.
Article
RNAseq
Genome
Abaixo estão os IDs completos e abreviados de cada amostra, com o objetivo de facilitar a visualização dos resultados. Em alguns gráficos, os IDs podem não incluir o número da replicata, indicando que o resultado representa a média das replicatas.
Irrigated
Drought
As amostras Gm_I_S04.20h_R2 e Gm_I_S03.16h_R1 são claramente outliers e serão removidas. De acordo com o dataset a Gm_I_S03.16h_R1 apresentou uma porcentagem de alinhamento muito baixa no kallisto (23%), a Gm_I_S04.20h_R2 pode ter apresentado algum problema de amostragem, visto que não foi identificado nenhuma diferença comparada com os demais dados.
O valor de Soft Threshold Power utilizado nesta análise foi de: 20
## Total de genes: 16251
## Genes agrupados em módulos: 11021
## Genes não agrupados: 5230
O heatmap abaixo foi gerado a partir do heatmap anterior, que passou por um tratamento especÃfico de filtragem no script. Nesse processo, foram filtradas as interações com correlações (Corr) altamente positivas ou negativas, bem como valores de significância ideais (p-value). Os critérios de corte utilizados foram os seguintes:
Os módulos que não atenderam a esses critérios foram removidos, garantindo que apenas as interações mais relevantes fossem exibidas no heatmap.
## k Intensity Number.of.Communities Number.of.Isolated.Nodes Ratio.Threshold Chi.Threshold
## 406 4 0.7980 12 23 1.500000 0.1313392
## 402 4 0.8000 12 26 1.200000 0.1295635
## 403 4 0.7995 12 26 1.200000 0.1295635
## 410 4 0.7960 11 22 1.636364 0.1540987
## 407 4 0.7975 11 23 1.363636 0.1513311
## 405 4 0.7985 11 25 1.500000 0.1475329
## 404 4 0.7990 11 26 1.400000 0.1475329
## 411 4 0.7955 10 22 2.090909 0.1827498
## 408 4 0.7970 10 23 1.636364 0.1745310
## 409 4 0.7965 10 23 1.636364 0.1745310
## 415 4 0.7935 8 22 2.000000 0.2516922
## 412 4 0.7950 8 22 2.090909 0.2442079
## 413 4 0.7945 8 22 2.181818 0.2442079
## 414 4 0.7940 8 22 2.181818 0.2442079
## 424 4 0.7890 6 19 3.700000 0.4599564
## 425 4 0.7885 6 19 3.700000 0.4599564
## 426 4 0.7880 6 19 3.700000 0.4599564
## 419 4 0.7915 6 22 3.400000 0.4014012
## 416 4 0.7930 6 22 3.400000 0.4009126
## 417 4 0.7925 6 22 3.400000 0.4009126
## 418 4 0.7920 6 22 3.400000 0.4009126
## 462 4 0.7700 5 10 2.315789 1.7072154
## 453 4 0.7745 5 11 2.263158 1.9292694
## 454 4 0.7740 5 11 2.263158 1.9292694
## 455 4 0.7735 5 11 2.263158 1.9292694
## 456 4 0.7730 5 11 2.263158 1.9292694
## 457 4 0.7725 5 11 2.263158 1.9292694
## 458 4 0.7720 5 11 2.263158 1.9292694
## 459 4 0.7715 5 11 2.263158 1.9292694
## 460 4 0.7710 5 11 2.263158 1.9292694
##
## Results of clique percolation community detection algorithm
##
## --------------------
##
## User-specified Settings
##
## method = weighted
## k = 3
## I = 0.8125
##
## --------------------
##
## Results
##
## Number of communities: 11
## Number of shared nodes: 12
## Number of isolated nodes: 12
##
## --------------------
##
## --------------------
## Communities (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
##
## Community 1 : GM020 GM023 GM046 GM050 GM053 GM054 GM055 GM056 GM057 GM062 GM063 GM064 GM065 GM066 GM077
## Community 2 : GM002 GM003 GM004 GM005 GM006 GM007 GM008 GM009 GM010 GM011 GM012 GM015 GM025 GM026 GM027 GM028 GM033 GM037 GM039 GM040 GM041 GM042 GM068
## Community 3 : GM017 GM018 GM019 GM020 GM022 GM026 GM029 GM030 GM031 GM032 GM033 GM034 GM035 GM037
## Community 4 : GM072 GM074 GM075
## Community 5 : GM060 GM061 GM065 GM074 GM076 GM077
## Community 6 : GM043 GM044 GM045
## Community 7 : GM037 GM038 GM047
## Community 8 : GM068 GM069 GM070
## Community 9 : GM018 GM036 GM038
## Community 10 : GM056 GM058 GM059
## Community 11 : GM011 GM013 GM014
##
##
## --------------------
## Shared nodes (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
##
## GM011 GM018 GM020 GM026 GM033 GM037 GM038 GM056 GM065 GM068 GM074 GM077
##
##
## --------------------
## Isolated nodes (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
##
## GM001 GM016 GM021 GM024 GM048 GM049 GM051 GM052 GM067 GM071 GM073 NA
Os números indicam as comunidades, e o tamanho dos cÃrculos reflete o número de módulos em cada comunidade, ou seja, cÃrculos maiores correspondem a comunidades que contêm mais módulos. Além disso, as arestas que conectam os módulos mostram o nÃvel de correlação entre eles, variando em largura e intensidade de cor.
As cores no gráfico representam comunidades de módulos com alta correlação entre si. Esta rede é ponderada, ou seja, as arestas conectando os módulos indicam o nÃvel de correlação entre eles, variando em largura e intensidade de cor conforme a força da correlação.
Os módulos isolados, que não foram agrupados em nenhuma comunidade, são representados pela cor branca.
## Warning in qgraph::qgraph(W, DoNotPlot = TRUE): Some labels where not
## abbreviatable.
## Warning in qgraph::qgraph(qgraph::getWmat(W), pie = node_split, pieColor =
## colors_nodes, : Some labels where not abbreviatable.